皇太极继位后，继承了其父对蒙古诸部恩威并施的策略，他对此解释为“慑之以兵，怀之以德。”史载，皇太极即位后的次月，就以蒙古扎鲁特部“敗盟杀掠，私通于明”为罪名，派遣大贝勒代善、二贝勒阿敏、三贝勒莽古尔泰，等率军讨伐，击溃扎鲁特军、擒杀其首领，掠其人、畜而还。皇太极以实际行动向蒙古各部表明了他的严正立场。

后金天聪元年，明天启7年，正月，皇太极得知林丹汗挥军攻掠喀尔喀蒙古部，立刻两次分别写信给喀尔喀诸部豪酋以分化争取，信中说：“我两部非若明人，夙为仇敌，岂以征战为善，而以太平岂不美乎”？劝说或诱使他们前来归附。

1628天聪2年初，蒙古内部爆发大战。喀喇沁、喀尔喀联军与察哈尔林丹汗的大军在土默特部赵城一带展开决战，双方激战好几回合，均伤亡惨重，相持不下。喀喇沁、喀尔喀诸部头领遂致书皇太极，邀他出兵夹击林丹汗。此举正中皇太极下怀，乘机与喀喇沁、喀尔喀等部“刑白马乌牛，誓告天地”——如同汉人的歃血为盟，满蒙双方结成了军事联盟。

当年9月，皇太极以蒙古各部盟主的身份，亲率满蒙联军西征察哈尔，一路势如破竹，一直打到大兴安岭，取得了初步胜利。在这一征战过程中，皇太极对蒙古各部颁布军令，形成了实际的管理。

天聪六年，后金皇太极率领八旗军，以泰山压顶的姿态征讨察哈尔，入漠南后与蒙古各部会师。皇太极为了加强羁縻，对蒙古诸部兵马“多寡不齐，迟速异矣”的情况，分别予以褒贬赏罚，蒙古诸豪酋“皆叩首领命”，进一步夯实了皇太极盟主的权威。随后，皇太极大摆筵席，给蒙古各部首领赏赐金银、鞍马、蟒袍、甲胄等，誓师出征。满蒙联军大举来攻，察哈尔部被打得溃不成军，林丹汗望风而逃，弃本土西逃至青海，两年后在惶恐中病死在青海的打草滩。

后金天聪7年，也就是明崇祯6年，皇太极对蒙古各部颁发了“钦定法令”，使漠南蒙古诸部与后金的政令完全统一，从军事联盟关系变成了藩属关系。

心向大明、能征善战的林丹汗死后，察哈尔部的形势起了变化。皇太极审时度势，及时改变策略，把对察哈尔的策略由征讨变为招抚。1634年，皇太极远征大同，截断了林丹汗之子额哲与明朝联络的道路，一举切断了察哈尔部投明之路。额哲走投路，只得手捧蒙古历代传国玉玺投奔后金。皇太极大喜，派多尔衮率一万骑兵前往迎接率众来归的额哲。

天聪8年，明崇祯7年，刚刚得到了传国玉玺的皇太极踌躇满志。望着南面中原的万里江山，心中升起了限的豪气，这万里锦绣凭什么只能汉人拥有？你大明已经是昏昏日落，我辈为何不能取而代之？于是起兵九万，加强汉蒙仆从军共计三十万人，号称五十万，其中女真八旗和汉八旗二十万从喜峰口，蒙八旗和新近归顺后金的察哈尔部从大同破关而入，大有将明朝一举拿下的势头。